Investigation NGS d’agents adventices
Spécificité taxonomique, couverture, contigs, contrôles négatifs et synthèse de l’évidence.
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Investigation NGS d’agents adventices
Analyse bioinformatique de données NGS pour rechercher, caractériser et documenter des signaux microbiens ou viraux inattendus dans un contexte R&D ou d’investigation.
Données possibles
- FASTQ single-end ou paired-end
- Reads prétraités ou contigs lorsqu’une analyse amont existe déjà
- Métadonnées des échantillons et du run
- Contrôles négatifs, blancs et contrôles de procédé lorsqu’ils sont disponibles
- Référence hôte ou séquences attendues à soustraire selon le protocole
Analyse bioinformatique
- Contrôle qualité et retrait des séquences attendues / hôte
- Classification taxonomique et revue de la spécificité des assignations
- Alignement sur référence, profondeur et largeur de couverture
- Assemblage et analyse des contigs lorsque les données le permettent
- Comparaison aux contrôles négatifs et au bruit de fond
- Priorisation des signaux pour revue et confirmation
Résultats fournis
- Tableau des candidats et éléments de preuve associés
- Vue de couverture génomique des signaux retenus
- Comparaison échantillon / contrôles
- Contigs ou séquences candidates selon le périmètre
- Méthodes, références, versions logicielles et rapport interactif
Positionnement de la prestation
Cette offre est conçue pour la découverte et l’investigation bioinformatique en R&D.
Exemple interactif