Profilage métagénomique · Shotgun
Composition au niveau espèce, diversité, raréfaction et structure des communautés.
Explorer l’exemple →Microbiome & métagénomique
Microbiome & métagénomique · 16S/ITS et shotgun
Profilage des communautés microbiennes avec une séparation claire entre séquençage d’amplicons 16S/ITS et métagénomique shotgun.
Profilage du microbiome par amplicons · 16S/ITS
Approche ciblée par marqueur pour décrire la composition et la diversité des communautés.
- Filtrage et débruitage
- Génération d’ASV
- Assignation taxonomique adaptée au marqueur
- Diversité alpha et bêta, raréfaction et ordination
Cette approche caractérise principalement la composition et la diversité ; elle ne mesure pas directement le potentiel fonctionnel global de la communauté.
Métagénomique shotgun
Approche non ciblée pour un profil taxonomique plus large et, lorsque les données le permettent, une caractérisation fonctionnelle directe.
- QC et retrait hôte si nécessaire
- Profilage taxonomique
- Pathways et potentiel fonctionnel
- Résistome, assemblage et MAG selon la profondeur et le projet
Comparaison statistique
Diversité, PERMANOVA, abondance différentielle et modèles adaptés aux données compositionnelles permettent de comparer les communautés sans réduire l’analyse à des pourcentages bruts.
Résultats fournis
Tables d’ASV ou profils taxonomiques, métriques de diversité, résultats statistiques, annotations fonctionnelles lorsque pertinentes, figures, méthodes et rapport interactif.
Exemples de restitution
Functional Metagenomic Profiling
Pathways, PCoA fonctionnelle et comparaison différentielle.
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