Expertise bioinformatique, workflows & accompagnement méthodologique

Des interventions structurées autour de la question scientifique, de la qualité des données, de la reproductibilité des analyses et des livrables attendus.

Analyse bioinformatique & données omiques

Prise en charge analytique de données omiques, depuis leur qualification jusqu’à l’inférence statistique, l’interprétation bioinformatique et la restitution des résultats.

Périmètre analytique

Qualification des données, contrôle qualité et cohérence entre échantillons et métadonnées
Prétraitement et workflows adaptés à la technologie, au design et aux références utilisées
Modélisation statistique intégrant contrastes, covariables, multiplicité des tests et diagnostics pertinents
Interprétation, visualisation, reporting et documentation de la provenance analytique

Les références, versions, paramètres et décisions analytiques sont documentés selon le niveau de reproductibilité attendu.

Conception analytique & revue méthodologique

Intervention en amont ou en cours de projet pour aligner la question scientifique, le design de l’étude, les données disponibles et les méthodes d’analyse.

Cadrage scientifique

Évaluer l’adéquation entre question, design, échantillonnage, métadonnées et données disponibles
Définir les contrôles, contrastes, covariables et critères d’interprétation
Auditer un workflow ou une analyse existante, identifier biais, confusions et limites méthodologiques
Structurer une réanalyse, une validation ou une analyse destinée à la publication

Ingénierie de workflows reproductibles

Conception de workflows versionnés et portables pour standardiser les traitements, réduire les interventions manuelles et assurer une provenance analytique explicite.

Ingénierie du workflow

Conception, refactorisation et modularisation de workflows bioinformatiques
Automatisation du contrôle qualité, des traitements, des contrôles d’intégrité et du reporting
Versionnage des paramètres, références, environnements logiciels et dépendances
Adaptation aux environnements locaux, HPC ou cloud lorsque le contexte l’exige

Tests, reprise sur erreur, traçabilité et niveau de portabilité sont définis selon la criticité et la fréquence d’exécution du workflow.

Reporting scientifique & restitution analytique

Structuration des résultats pour permettre leur revue scientifique, leur interprétation et leur réutilisation, avec un niveau de détail adapté au destinataire.

Résultats & provenance

Rapports analytiques structurés avec méthodes, hypothèses et limites explicites
Figures et tableaux directement reliés aux contrastes et questions évaluées
Rapports interactifs lorsque l’exploration des résultats le justifie
Interfaces ou outils scientifiques ciblés lorsque le besoin dépasse le reporting

Formation & transfert de compétences

Formations ciblées pour comprendre les choix méthodologiques, prendre en main un workflow et développer une pratique reproductible de l’analyse bioinformatique.

Programme sur mesure

Session individuelle ou formation en petit groupe
Contenu adapté au niveau, au contexte scientifique et aux objectifs opérationnels
Exercices fondés sur des jeux de données pédagogiques ou autorisés
Supports, exemples reproductibles et documentation selon le programme

Le programme est défini à partir des compétences à acquérir et des usages réels des participants.

Portée des collaborations

Services bioinformatiques pour des projets en France, au Maroc et à l’international

UbSeq peut accompagner laboratoires, équipes de recherche, entreprises, chercheurs et porteurs de projets en France, au Maroc, en Europe et au Moyen-Orient, notamment aux Émirats arabes unis, au Qatar et en Arabie saoudite. Les prestations restent définies selon la question scientifique, les données disponibles et le niveau d’accompagnement attendu.

Besoin transversal

Un périmètre construit autour de la question scientifique

Cadrage, analyse, automatisation et restitution peuvent être combinés dans une même mission lorsque cela renforce la cohérence méthodologique et la reproductibilité du projet. Voir les modes de collaboration →

Décrire votre besoin