Génomique microbienne
Génomique microbienne · typage & surveillance
Caractérisation et comparaison de génomes microbiens, du contrôle qualité et de l’assemblage jusqu’au typage, à la phylogénomique et à l’étude de collections.
Assemblage & caractérisation
Lectures courtes, longues ou hybrides : contrôle qualité, assemblage, polissage, annotation, métriques de qualité et caractérisation génomique adaptée à l’organisme étudié.
Typage & surveillance génomique
Phylogénie, distances SNP ou alléliques, cgMLST, ST et métadonnées permettent de décrire les relations entre isolats et d’identifier les groupes génétiquement proches.
AMR, virulence & génomique comparative
Recherche de déterminants de résistance et de virulence, plasmides ou autres éléments génétiques lorsque le protocole le permet, avec analyses de pan-génome et présence/absence selon la question.
Résultats fournis
Assemblages et annotations, profils de typage, matrices de distance, arbres, tableaux de déterminants, indicateurs de qualité et rapport interactif selon le projet.
Exemples de restitution
cgMLST Minimum Spanning Tree
Proximité allélique et structuration d’une collection.
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Pangenome · Core & Accessory
Matrice présence/absence sur 60 génomes, spectre de fréquence, courbes pan/core et modules spécifiques de lignées.
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